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Wenn der Elektronenstrahl auf die Probe trifft kommt es zur Wechselwirkung. Ein Teil der Elektronen wird ohne Energieverlust gestreut (elastische Streuung), andere schlagen Elektronen aus der Hülle der Probenatome und verlieren dabei eine bestimmte Energiemenge (inelastsiche Streuung). Diese ist spezifisch für die Atome mit denen die Wechselwirkung stattfand. Misst man den Energieverlust der inelastisch gestreuten Elektronen, ergibt sich ein charakteristisches Spektrum mit abfallender Intensität auf dem die Elementpeaks bzw. Elementstufen sitzen. Mit Hilfe der Spaltblende können bestimmte Bereiche aus diesem Spektrum ausgewählt und so, mit Hilfe der Mehrfenstermethode, elementspezifische Bilder erstellt werden.
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